《怪物弹珠 第二季 消逝的宇宙篇》当解开全部的风水宝地的封印之后，诺查丹玛斯立刻预知到了恐怖的未来。从她吐露的只言片语中，莲等人感到一丝不安。这期间，斑目社长向全世界发表了新计划。就在世界处于震惊之际，莲与龙马的面前强敌"伊甸"现身！而此时，冷眼旁观事态发展的弥勒所采取的行动是——

主人公焰莲回到曾经住过的街道神之原，却失去了部分记忆。此时，莲的智能手机突然被安装了名为《怪物弹珠》的游戏。他带着从手机中飞向现实世界的怪物，在街道中展开了激烈战斗，而许多的谜团也需要焰莲自己去一一解开。

第二季会接力第一季的剧情，把最终没有完结的战斗以新篇章的形式给大家补充完整，剧情看点与握有钥匙的水泽葵、影月明、若叶皆实一起，如今的莲正迈出通往谜团的一步，对于前方沉睡着无法想象的真相一事，仍然一无所知。